Citata negli atti della visita pastorale compiuta dal vescovo di Brescia mons.  Domenico Bollani nel 1567, questa chiesa risultò riedificata nel 1625, ma nel 1634 il vescovo Vincenzo Giustiniani impose di completarla, con lavori che si conclusero nel settembre 1674. Stefano Viviani, cittadino di Brescia, che lasciò la firma e la data del 1642, rappresentò sulla pala dell'altar maggiore S. Margherita con una croce in mano, mentre un dragone verde è inchiodato sotto i suoi piedi vittoriosi e un angioletto vola si accinge a deporle sul capo la corona del martirio. Sullo sfondo, i momenti della passione della santa, rinchiusa in un'alta torre, e in attesa d’essere decapitata. La soasa settecentesca, molto elaborata e ricca di putti, festoni, girali e decorazioni, è attribuibile all'intagliatore Marchiondo Bonomini di Bione (1679-1754). Alla famiglia Montini, e in particolare a Ludovico risiedente nel 1725 risiedeva a Sarezzo, si deve la cappella laterale dedicata al santi Firmo e Gottardo.  L’autorizzazione a costruirvi l'altare venne concessa il 30 maggio 1725; dopo il 9 giugno seguente si diede inizio alla cappella, la cui raffinata luminosa pala settecentesca (la Madonna col Bambino in gloria, S. Firmo e S. Cottardo) è opera avvicinabile al grande Giacomo Ceruti detto il Pitocchetto. L’altro altare laterale è dedicato a S. Luigi Gonzaga, raffigurato in un'opera giovanile di Lorenzo Migliorati di Brescia. Il piccolo pulpito, infine, venne donato nel 1802 da don Lorenzo Prandelli di Lumezzane, rettore della chiesa bresciana di S. Maria del Carmine.

La chiesa preesistente, citata nel catalogo capitolare del 1410, divenne parrocchiale nella prima metà del '500, staccandosi dalla pieve matrice di S. Giovanni Battista e di S. Maria. Il 1 maggio 1672 una supplica veniva inoltrata al Serenissimo Doge di Venezia per la costruzione della nuova chiesa parrocchiale, la cui prima pietra venne benedetta e collocata il 17 agosto 1673 da don Pietro Antonio Rossini, arciprete della pieve, essendo parroco di S. Apollonio don Giacomo Corte.  Architetto ne fu Stefano Bianchi.  Il 7 dicembre 1673 fu stipulato il contratto per la nuova costruzione con mastro Bianchi, Andrea e Luigi Pernici e Antonio Somalvichi, tutti mastri comaschi, originari di «Brien». Il 30 giugno 1675 si acquistarono vari coppi dal "fornaciari" Giovanni Antonio Becchetti, Francesco Donati e Giovanni Battista Frascio, evidentemente al fine di collocarli sulle coperture del sacro tempio. Il 6 gennaio 1677 mastro Antonio Somalvigo trattò la pietra da taglio dei cornicioni con Giovanni Antonio Gnutti di Lumezzane, mentre il 30 maggio 1678 il "piccapietra" comasco Giovanni Pernici sottoscrisse il contratto per le basi delle quattordici paraste e gli scalini del coro da realizzare in pietra di Costorio. La nuova chiesa vide la prima celebrazione della prima messa in data 20 novembre 1678, mentre il 26 agosto 1685 il vescovo di Brescia, mons.  Bartolomeo Gradenigo consacrò la chiesa ricostruita. Il 26 novembre 1690 mastro Stefano Bianchi e il "piccapietre" Giovanni Pernici firmarono il contratto per il nuovo campanile, la cui costruzione si protrasse a lungo: il 3 giugno 1707 con uno scalpellino di Botticino ci si accordò per "tagliare" delle pietre per il campanile e l'undici dicembre successivo i comaschi Carlo Nolli ed Antonio Schera si impegnarono a lavorare delle pietre per la cella campanaria. Il 22 aprile 1737 la "vicinia" decise di gettar a terra il campanile "vecchio" e - il 25 luglio 1742 - di utilizzarne il materiale. Le opere d'arte, scampate al terribile incendio deflagrato in occasione dell'ultima funzione dei Tridui (30 dicembre 1922), sono notevoli. Il bergamasco Achille Locatelli nel 1924 affrescò la parete destra del presbiterio e -secondo don Emilio Spada - ridipinse ed ornò tutta la chiesa, essendosi guastati gli affreschi precedenti. Nel medesimo anno la ditta bresciana Frigerio Maccarinelli-Fusari costruì l'organo a due tastiere. Dal 1927 al 1929 - essendo parroco don Severino Sabatti - Onorato Ferrari di Ponte di Legno restaurò le soase degli altari laterali, parzialmente guaste a causa del ricordato incendio. Lo scultore Bartolomeo Zambelli di Levrange, cui nel 1725 furono commissionati gli stalli del coro da intagliare secondo il disegno concordato il 29 dicembre 1724, nel 1708 aveva completato la soasa dell'altare della Madonna del Rosario, scolpita da Gerolamo Castellari o Castelleri di Borzago di Val Rendena, il quale nel 1684 aveva ceduto a Francesco Bossini di Montagnone, fabbricante di panni bianchi e neri di lana, per la dote della sorella Giovanna, sposa del Bossini,