La chiesa preesistente, citata nel catalogo capitolare del 1410, divenne parrocchiale nella prima metà del '500, staccandosi dalla pieve matrice di S. Giovanni Battista e di S. Maria. Il 1 maggio 1672 una supplica veniva inoltrata al Serenissimo Doge di Venezia per la costruzione della nuova chiesa parrocchiale, la cui prima pietra venne benedetta e collocata il 17 agosto 1673 da don Pietro Antonio Rossini, arciprete della pieve, essendo parroco di S. Apollonio don Giacomo Corte. Architetto ne fu Stefano Bianchi. Il 7 dicembre 1673 fu stipulato il contratto per la nuova costruzione con mastro Bianchi, Andrea e Luigi Pernici e Antonio Somalvichi, tutti mastri comaschi, originari di «Brien». Il 30 giugno 1675 si acquistarono vari coppi dal "fornaciari" Giovanni Antonio Becchetti, Francesco Donati e Giovanni Battista Frascio, evidentemente al fine di collocarli sulle coperture del sacro tempio. Il 6 gennaio 1677 mastro Antonio Somalvigo trattò la pietra da taglio dei cornicioni con Giovanni Antonio Gnutti di Lumezzane, mentre il 30 maggio 1678 il "piccapietra" comasco Giovanni Pernici sottoscrisse il contratto per le basi delle quattordici paraste e gli scalini del coro da realizzare in pietra di Costorio. La nuova chiesa vide la prima celebrazione della prima messa in data 20 novembre 1678, mentre il 26 agosto 1685 il vescovo di Brescia, mons. Bartolomeo Gradenigo consacrò la chiesa ricostruita. Il 26 novembre 1690 mastro Stefano Bianchi e il "piccapietre" Giovanni Pernici firmarono il contratto per il nuovo campanile, la cui costruzione si protrasse a lungo: il 3 giugno 1707 con uno scalpellino di Botticino ci si accordò per "tagliare" delle pietre per il campanile e l'undici dicembre successivo i comaschi Carlo Nolli ed Antonio Schera si impegnarono a lavorare delle pietre per la cella campanaria. Il 22 aprile 1737 la "vicinia" decise di gettar a terra il campanile "vecchio" e - il 25 luglio 1742 - di utilizzarne il materiale. Le opere d'arte, scampate al terribile incendio deflagrato in occasione dell'ultima funzione dei Tridui (30 dicembre 1922), sono notevoli. Il bergamasco Achille Locatelli nel 1924 affrescò la parete destra del presbiterio e -secondo don Emilio Spada - ridipinse ed ornò tutta la chiesa, essendosi guastati gli affreschi precedenti.
Nel medesimo anno la ditta bresciana Frigerio Maccarinelli-Fusari costruì l'organo a due tastiere. Dal 1927 al 1929 - essendo parroco don Severino Sabatti - Onorato Ferrari di Ponte di Legno restaurò le soase degli altari laterali, parzialmente guaste a causa del ricordato incendio. Lo scultore Bartolomeo Zambelli di Levrange, cui nel 1725 furono commissionati gli stalli del coro da intagliare secondo il disegno concordato il 29 dicembre 1724, nel 1708 aveva completato la soasa dell'altare della Madonna del Rosario, scolpita da Gerolamo Castellari o Castelleri di Borzago di Val Rendena, il quale nel 1684 aveva ceduto a Francesco Bossini di Montagnone, fabbricante di panni bianchi e neri di lana, per la dote della sorella Giovanna, sposa del Bossini, i propri crediti nei confronti della confraternita del S. Rosario per la costruzione dell'altare della Madonna, la cui ancona è dominata - dall'alto della cimasa - dalla statua di S. Domenico.
Stilisticamente affine a quella del S. Rosario è la soasa dell'altare del S. Cuore, già del SS. Sacramento, ornata dalle statue della Fede, della Speranza e della Cantà. Il contratto per il pulpito venne stabilito il 20 maggio 1711 con lo scultore Stefano Bianchi. Grandiosa è l'ancona dell'altare intitolato a S. Antonio da Padova, detto anche dell'Addolorata, perché nella nicchia posta al centro è collocata la statua della Pietà (sec. XVII). Al gruppo scultoreo altamente espressivo fanno corona alcuni quadretti sagomati rappresentanti i sette "dolori" della Madonna, il cui altare, nel marzo 1731, stava per essere edificato. L’angelo di sinistra dell'imponente cimasa reca un libro con un'iscrizione che cita Giacomo Vailati e l’anno 1736. Il 15 luglio 1736 la "vicinia" del Comune di S. Apollonio - su proposta del "sindaco" Giovanni Battista Frascio- deliberò l'assegnazione di 200 berlingotti per pagare in parte la doratura dell’ancona di S. Antonio, al cui altare il 29 settembre del medesimo anno fu eretta la Confraternita dei Sette Dolori di Maria. Elaborata è anche la soasa dell'altare della S. Croce e delle Reliquie; la parte antica è quella lignea dorata, cui appartiene la pala seicentesca detta di S. Giacinto, venerato insieme ad altri santi, le cui sacre ossa sono conservate in ricchi reliquiari. Il dipinto riproduce il Cristo trionfante e Santi, mentre la settecentesca Madonna col Bambino, S. Antonio e Santi tra cui S. Rocco e S. Nicola da Tolentino fungeva da pala dell'altare intitolato al santo taumaturgo patavino e alla Madonna Addolorata, cui fa riferimento una delibera della "vicinia" di S. Apollonio del 1736, che il primo agosto 1751 donò all'altare di S. Antonio la legna stimata per la calchera, mentre il 19 maggio 1750 decise di provvedere un ostensorio d'argento. Sulla controcantoria è appesa una tela ad olio (il Redentore con S. Carlo e S. Ignazio o S. Filippo Neri), ritenuta del primo Settecento. Nel 1972 don Mario Guerini commissionò a Gabriele Saleri di Brescia la pala dell’altar maggiore (S. Apollonio con i santi Faustino e Giovita, una bimba e un lavoratore). Nel 1976 vennero realizzate le nuove porte in bronzo, opera dello scultore Maffeo Ferrari di Ponte di Legno e nel 1980 il pittore bresciano Pierluigi Sabbadini dipinse la grande tela delle Beatitudini, posta sulla controfacciata, al di sopra della bussola. I paliotti marmorei degli altari laterali appartengono al secolo XVIII, mentre del '600 sono le statue lignee - dorate da oltre un decennio - di S. Giovanni evangelista e di S. Rocco che con la mano destra indica la piaga della peste, già collocate al lati della soasa dell'altare della Madonna del Rosario.