Citata negli atti della visita pastorale compiuta dal vescovo di Brescia mons. Domenico Bollani nel 1567, questa chiesa risultò riedificata nel 1625, ma nel 1634 il vescovo Vincenzo Giustiniani impose di completarla, con lavori che si conclusero nel settembre 1674. Stefano Viviani, cittadino di Brescia, che lasciò la firma e la data del 1642, rappresentò sulla pala dell'altar maggiore S. Margherita con una croce in mano, mentre un dragone verde è inchiodato sotto i suoi piedi vittoriosi e un angioletto vola si accinge a deporle sul capo la corona del martirio. Sullo sfondo, i momenti della passione della santa, rinchiusa in un'alta torre, e in attesa d’essere decapitata. La soasa settecentesca, molto elaborata e ricca di putti, festoni, girali e decorazioni, è attribuibile all'intagliatore Marchiondo Bonomini di Bione (1679-1754). Alla famiglia Montini, e in particolare a Ludovico risiedente nel 1725 risiedeva a Sarezzo, si deve la cappella laterale dedicata al santi Firmo e Gottardo. L’autorizzazione a costruirvi l'altare venne concessa il 30 maggio 1725; dopo il 9 giugno seguente si diede inizio alla cappella, la cui raffinata luminosa pala settecentesca (la Madonna col Bambino in gloria, S. Firmo e S. Cottardo) è opera avvicinabile al grande Giacomo Ceruti detto il Pitocchetto. L’altro altare laterale è dedicato a S. Luigi Gonzaga, raffigurato in un'opera giovanile di Lorenzo Migliorati di Brescia. Il piccolo pulpito, infine, venne donato nel 1802 da don Lorenzo Prandelli di Lumezzane, rettore della chiesa bresciana di S. Maria del Carmine.