La chiesa ha origini antichissime, presumibilmente risale al IV secolo. Intorno al 1440 venne riedificata una seconda volta, la prima fu agli inizi del XIII secolo. La facciata presenta un portale in pietra di forme rinascimentali affiancato da due archi, tracce di antiche tombe nobiliari. L'interno è organizzato in tre navate divise da pilastri imponenti. È forse la più importante chiesa di Brescia dal punto di vista artistico, infatti al suo interno si possono ammirare delle opere di straordinaria bellezza dei massimi esponenti della pittura bresciana del cinquecento: il Moretto e il Romanino. L'elegante chiostro - risalente al 1487 - si trova sulla destra della chiesa. Collocata nella chiesa di S. Giovanni Evangelista, tra la cappella del Sacramento ed il presbiterio, la Cappella di S. Maria, o della Purificazione della Madonna, ha origini piuttosto oscure che – grazie al ritrovamento degli affreschi che oggi possiamo ammirare e agli scavi esterni degli anni Cinquanta – sono state in parte chiarite: si pensa infatti che questo locale non sia nato come cappella, ma che fosse la chiesa longobarda, adattata poi a cimitero quando fu costruita quella più vasta di S. Giovanni. Poche infatti sono le informazioni relative a questo spazio e nelle guide, dal ‘600 in poi, nessun accenno si trova su questa cappella. L’Averoldi parla di un vasto ambiente che serviva da ripostiglio per le suppellettili della schola del Santissimo, schola che fece costruire la cappella del Sacramento. Soltanto il Faino, parlando della chiesa di S. Giovanni, accenna ad una cappella dipinta con storie della Beata Vergine dal noto pittore bresciano Floriano e di una pala della purificazione della Madonna.
Fu nel 1956, quando si stava pensando al restauro complessivo della chiesa, che sotto i calcinacci del grande ripostiglio posto sul fianco della cappella del Sacramento, venne rinvenuto un grande ciclo di affreschi dedicati alla Madonna e, dopo aver scavato all’esterno, dove un tempo era il cimitero, si trovò anche la parte inferiore dell’abside. L’interesse suscitato dalla scoperta di questo ciclo di affreschi del XV-XVI secolo fu tale che la Soprintendenza ai monumenti di Milano attuò un’opera completa di ricostruzione dell’abside e del ciclo pittorico.
Al visitatore d’oggi si presenta dunque, dopo un atrio di passaggio che conserva rovinatissimi e poco visibili affreschi del ‘400, una decorazione continua che avvolge tutto lo spazio della cappella.
Floriano Ferramola (1478–1528) è autore della volta con i quattro Evangelisti, i loro simboli e i quattro dottori della chiesa latina: i santi Gregorio Magno, Girolamo, Ambrogio e Agostino. Gli affreschi delle pareti nord e sud che, in due fasce sovrapposte narrano la vita della Vergine Maria dalla nascita all’Assunzione, sono di Paolo da Cailina il Giovane (1485–1545). Gli affreschi più antichi, staccati dalla parete nord e collocati su quella ovest, sono attribuibili a Paolo da Cailina il Vecchio (sec. XV) e rappresentano due Madonne in trono e due gruppi di Santi con devoti.
Un particolare di rilievo fu il ritrovamento di un affresco raffigurante La Madonna che allatta il Bambino – ora collocato in una nicchia sul fondo della cappella – che ha rivelato come la tela che si venera nella cappella della Madonna del tabarrino, posta di fronte a quella del Sacramento, sia in realtà una copia fatta eseguire da un autore di valore, molto probabilmente il Moretto.